Laboratorium wchodzi w skład Pracowni Elektroniki Morskiej Instytutu Morskiego Uniwersytetu Morskiego w Gdyni i działa nieprzerwalnie w jego strukturze od początku istnienia Instytutu Morskiego. Jako wyodrębniona jednostka organizacyjna Laboratorium ZEM rozpoczęło funkcjonowanie zgodnie z Zarządzeniem nr 10/03 Dyrektora IM w Gdańsku od dnia 1 września 2003 roku.
Akredytację na pomiary pola elektromagnetycznego w środowisku pracy i środowisku Laboratorium PEM otrzymało 16 listopada 2007 roku.